Les confréries de Bonifacio prennent leur essor aux environs du XIIème siècle parallèlement aux métiers et aux corporations. Ce sont des associations de laics fondées sur des principes religieux.
Les statuts de ces confréries prévoyaient la réunion des membres en vue des besoins spirituels des associés et pour prier les défunts. Mais leur rôle fut également éminemment
social : elles pourvoyaient aux besoins matériels des confrères ou de leur famille et les assistaient en cas de maladie, prenaient en charge les frais d'obsèques et portaient les défunts en terre...
Elles ont, parfois par le passé, joué un rôle de véritable contre-pouvoir, s'opposant dans certaines limites, à l'Eglise comme à l'Etat notamment lors de la Révolution française où, bien qu'interdites, elles ont continué leurs activités. De nos jours, leur activité religieuse semble être davantage au service d'une cohésion sociale.

Les 5 confréries  de Bonifaccio sont:
    Sainte Croix qui regroupait les métiers de la santé et les classes sociales élevées de la ville. Issue de la Confrérie du Saint Esprit, active durant les croisades, la confrérie de Santa Cruggi fut chargée, dès le XIVème siècle, de la gestion d'un hospice civil, rue Saint Dominique : la Maison de la Miséricorde ou Domus Misericordiae. Les malades y étaient accueillis et soignés. la compagnie veille toujours pieusement sur son trésor le plus précieux :
un reliquaire doré qui abrite un morceau de la vraie Croix.
Les confrères portent une cappa, ou aube, blanche et un cullarin, ou colleret noir, frappé d'une croix rouge à double croisillon.




    Saint Jean-Baptiste regroupait les métiers du bois, menuisiers, ébénistes charpentiers. Des siècles durant les confrères de Saint Jean Baptiste ou de la Miséricorde ont porté secours à leurs nécessiteux concitoyens en quêtant à leur profit, en fournissant constamment une aide matérielle aux plus démunis et en garantissant à tous de dignes funérailles chrétiennes.
Les confrères de St Jean Baptiste portent, en signe de profonde humilité, une aube de couleur noire et un camail également noir.


    Saint Barthélemy regroupait les maçons et artisans du bâtiment. La châsse de St Barthélemy est la plus lourde de Bonifaccio, son poids est estimé à environ 800 kg.
L'habit traditionnel se compose d'une aube blanche et d'un camail rouge (brodés au fil doré pour les prieurs et sous prieurs).



Sainte Marie-Madeleine regroupait les agriculteurs et des vignerons.
Vêtus d’une aube verte et d’un camail bleu.


    Saint Erasme regroupait les pécheurs et gens de mer. Situés dans la basse ville, ils sont vêtus d’une aube blanche et d’un camail violet.